18 juli 2008

Fixar och donar

...med designen här om någon undrar. Tycker det har sett så plottrigt ut på sista tiden - hoppas kunna snygga till lite...

17 juli 2008

Korrelationer, orsakssamband och orsakverkan

...och när vi ändå är inne på det där med att korrelationer inte är detsamma som orsakssamband så kan vi väl ta det där med D-vitaminbrist och autism också. Två läkare hävdade att det finns en koppling mellan D-vitaminbrist och autism på DN Debatt. Att det skulle föreligga någon egentlig korrelation är obevisat - än mindre då ett orsakssamband.

Alltid kristiskt tänkande Pekka på orsakverkan har vettiga invändningar. Det förefaller ganska troligt att den ökade frekvensen av autismfall beror på att kriterierna för vad som räknas som autism har ändrats över tid - och i så fall finns det ju inte ens en epidemi!

Detta förklarar dock inte varför autism är vanligare hos somalier som lever i Sverige jämfört med dem som lever i hemlandet. Det som skulle kunna förklara detta är dock skillnader i diagnosticering av autism mellan somalisk och svensk sjukvård. Spontant tycker jag att det låter som en minst lika rimlig förklaring som D-vitamin-brist men jag är å andra sidan dåligt insatt i hur autismdiagnoser ställs.

Andra bloggar om: , , , , ,

16 juli 2008

Astma och Helicobacter pylori

Jag har nu ögnat igenom artikeln som jag rapporterade om igår, liksom en “Leading article” publicerad i tidskriften "Gut" tidigare i år som diskuterar teorin.

Sammantaget kan jag säga att min förmodan om att de har studerat bara just H. pylori och inte förekomsten av några andra bakterier tycks stämma. Därmed kan man inte hävda säkert att H. pylori skyddar mot astma – det kan mycket väl vara som så att dess ”immunomodulerande aktivitet” har en skyddande effekt så som föreslås av författarna men det är fortfarande högst osäkert!















Jag tycker alltså att de sätter lite överdriven tilltro till sin teori men jag hittar åtminstone följande förbehåll i artikeln:

The cross-sectional design could reflect possible problems of reverse causation. For example, asthmatics may more frequently receive antibiotics and corticosteroids that could reduce H. pylori prevalence, compared with nonasthmatics. The present study cannot entirely rule out this possibility.”

från: Chen Y & Blaser M J. 2008. Helicobacter pylori infestation is inversely associated with childhood asthma. The Journal of Infectious Diseases 198: In press.

Intressant nog så föreslår de också i diskussionen att den minskade frekvensen av H. pylori kan förklaras med ett ökat antibiotikaanvändande (vilket ju verkar rimligt) – men de har inte undersökt korrelationen mellan antibiotikaanvändande i unga år och astma – bara tittat på antibiotikaanvändandet under den senaste månaden. Det finns dock en annan studie (som de hänvisar till) som har tittat närmare på saken:

Kozyrskyj A L et al. 2007. Increased risk of childhood asthma in from antibiotic use in early life. Chest 131: 1753-1759.

Det finns alltså en positiv korrelation mellan antibiotikaanvändande och astma – och även om avsaknaden av H. pylori nu är en proximat orsak till att man får astma är det troligt att antibiotikaanvändandet är en mer ultimat orsak (anser åtminstone jag) – och det kanske vore mer relevant att sätta in eventuella insatser där?

Att sambandet i mitt tycke inte ter sig så starkt som författarna hävdar betyder inte att jag avfärdar resultaten som oanvändbara. Jag håller med författarna när de skriver att:

Although this may represent an epiphenomenon as part of a more general change in human microecology, there is substantial biological plausibility for a role of the disappearance of H pylori and the rise of these allergic disorders of children. Nevertheless, if H pylori, and especially cagA status, only is a marker for asthma risk, it could become useful for clinical and epidemiological studies

från:
Blazer MJ et al. 2008. Does Helicobacter pylori protect against asthma and allergy? Gut 57: 561-567.

Andra bloggar om: , , , , ,

Jag får magsår!

Nja, så illa är det nog inte - kunde bara inte låta bli att sätta rubriken. Men jag grubblar över magsår och astma och bakterien Helicobacter pylori som orsakar det förstnämnda och påstås skydda mot det sistnämnda - men vänta nu, gör den verkligen det?

Tyvärr så är inte studien publicerad i dagens nummer av The Journal of Infectious Diseases som det påstås i dagens DN och inte heller i augustinumret (som redan är publicerat på nätet) - antar att det stod att den skulle publiceras i något pressmeddelande. Jag skrev ett e-mail och blev utlovad en kopia av den efterfrågade studien - men den har inte kommit än. Och tills dess den gör det kan jag inte hejda min ryggmärgsreaktion från att komma ut: en korrelation är inte detsamma som ett orsakssamband!

Det här tycks vara ett typiskt fall där risken är hög för att en korrelation förväxlas med ett orsakssamband. Att mindre förekomst av Helicobacter pylori sammanfaller med ökad förekomst av astma betyder inte nödvändigtvis att Helicobacter pylori skyddar mot astma!

Hur många bakterier finns det i människans mag-tarm-system? - Jo, det kan jag svara på. Det finns ungefär 10 ggr fler bakterieceller än det finns människoceller i kroppen, och det finns någonstans mellan 300-1000 arter av bakterier (enligt den ofta förträffliga källan Wikipedia).

Vad är det som gör att forskarna (vilket jag misstänker att de har gjort tills jag har läst studien, och vilket tycks vara vad de gjorde i deras tidigare studie på samma tema) har valt att bara studera förekomsten av just Helicobacter pylori? Och är det ett bra tillvägagångssätt?

Min gissning är att förekomsten av Helicobacter pylori förmodligen samkorrelerar med förekomsten av åtminstone några av de andra bakterierna och med t.ex. hygieniska förhållanden och antibiotikaanvändande under uppväxten i stort. - Därför är det svårt att hävda att just förekomsten av Helicobactern skulle vara det som ger en skyddseffekt - däremot är studien helt klart ytterligare en indikation som understödjer den så kallade "hygien-hypotesen".

(Och skulle jag ha fel i mina förmodanden angående artikeln så återkommer jag när jag har fått mitt ex.) - tills dess kan ju den intresserade grubbla lite över den här artikeln - tydligen kan man lindra astma-symptom genom att behandla mot, ja, just det: Helicobacter pylori!

Uppdatering 16/7: jag har nu läst artikeln och skrivit en ny post om saken. Min skepsis kvarstår.

Andra bloggar om: , , , , ,

13 juli 2008

Wilkins om vetenskapsbloggande

Evolutionsfilosofen John Wilkins, som skriver på den för det mesta mycket läsvärda bloggen Evolving Thoughts har skrivit en artikel i tidskriften Trends in Ecology and Evolutions betitlad: "The roles, reasons and restrictions of science blogs".

Artikeln kan väl ses lite grann som en introduktion till vetenskapsbloggar och vetenskapsbloggande för ett ännu inte alltför bloggbevandrat forskarauditorium, och John skriver om en del ganska grundläggande som om vad en blogg är för något och hur man startar en. Han listar också fördelar och nackdelar med att blogga om vetenskap (och jag tycker att hans tankar ganska väl sammanfaller med dem som jag har gett uttryck för när jag någon gång emellanåt har uttalat mig på temat (t.ex. här och här) - men han nämner också några fler aspekter. Jag listar allt:


Fördelar:

snabbheten i kommunikationen

interaktiviteten, läsare kan kommentera, korrigera och andra bloggare kan debattera

forskning och forskningspolitik som inte annars skulle uppmärksammas av media hittar ut

forskning och forskare "demytologiseras"

personliga fördelar för den som bloggar - man kan till exempel bli erbjuden jobb på grund av sitt bloggande (men det torde väl bero på hur man skriver - min egen kommentar)

bloggar kan vara ett sätt att överbrygga klyftan mellan vad CP Snow kallade "The two cultures" (i den mån en sådan klyfta verkligen existerar - min egen kommentar)

en blogg kan, såtillvida den inte så småningom raderas, tjäna som ett bra arkivmaterial som gör det möjligt att i efterhand t.ex. följa en tidigare debatt


Nackdelar:

bristande kvalitetskontroll - det finns vanligtvis inte någon redaktör för en blogg (även om forskarbloggen på SLU t.ex. har en) och slarvfel och stavfel torde vara rätt så vanliga - även här på Skor längtar ut.

många bloggar som vid första anblicken utger sig för att vara vetenskapsbloggar för i själva verket ut pseudovetenskap (och sådana har vi ju gott om även i den svenskspråkiga delen av bloggosfären speciellt när det gäller klimatfrågor finns det massor av nonsensbloggar - som ju för övrigt ofta känns igen på sina sällsynt deskriptiva namn - "Moderna myter", "Klimatbluffen", "Climate scam", "Klimatsvammel" etc. - beskriver ju innehållet i bloggarna perfekt! Men detta var en utvikning...)

man får inte betalt (eller åtminstone dåligt betalt) för sitt bloggande


Slutsatser:

John förordar att fler forskare borde engagera sig i vetenskapsbloggande och att vetenskapssamhället i stort borde värdera bloggen högre som ett sätt att förmedla sin forskning.

Han avslutar med orden (i min egen översättning):

"På detta sätt kan vi försäkra oss om att kvalitén på den vetenskap som förmedlas till allmänheten är hög samtidigt som personligheten hos de bloggande forskarna förmänskligar vetenskapen"

Låter ju som en from förhoppning... även om "försäkra" nog känns som ett alltför kraftfullt uttryck - ibland känns det i ärlighetens namn snarare som att "försöka".

Andra bloggar om: , , , , ,

10 juli 2008

Bloggtips - Next Generation Energy

Lunken har kört med flera bloggtips på sistone - tänkte att jag skulle förekomma honom och tipsa om "The Next Generation of Energy Ideas" på Scienceblogs. Flera personer varav några redan bloggare på Scienceblogs kommer under en begränsad tidsperiod att samsas om att skriva inlägg relaterade till framtidens energi och såklart drivmedelsförsörjning. Jag har börjat prenumerera på RSS-flödet men än så länge har de skrivit för lite för att det ska gå att betygsätta riktigt.

Det som redan har skapat debatt är att bloggen är sponsrad av Shell - vilket av många upplevs (och väl också är?) aningens suspekt....

Andra bloggar om: , , , , , , ,

09 juli 2008

Fiolspel, forskning och fågelskådning

Mellan mina båda poster (1 och 2) om isläget i Arktis hann jag med att fara iväg på lite semester. Var en sväng på Gotland där en kusin till mig gifte sig i en vacker vigselceremoni ute på Högklint strax söder om Visby.

Fiolspelet
Det som kanske inte var riktigt lika vackert som själva ceremonin var mitt och brorsans framförande av Gotländsk brudmarsch på fiolerna när vi och brudparet tågade ut mot klinten. Själv hade jag inte hållit i min fiol på några år när jag blev tillfrågad om jag inte kunde tänkas ställa upp - så det blev till att ta till lite intensivträning efter själva avdammandet - fast höll i den gjorde jag ju faktiskt inte nu heller om man ska vara nogräknad. Jag valde istället att ta med mammas fiol till Gotland (hon äger nämligen en - men spelar knappast på den) som jag upplever har en lite mjukare och trevligare ton än min egen.

Fioler kan ju nämligen låta ganska olika beroende på hur och i vilka material de är tillverkade. Särskilt välljudande lär Cremonese-fiolerna från de gamla mästarna vara (t.ex. av släktet Stradivari). Vilket osökt leder mig in på att en ny studie i PLoS ONE har studerat skillnader mellan träkvalitet i sådana gamla fioler och moderna:

Stoel BC, Borman TM (2008) A Comparison of Wood Density between Classical Cremonese and Modern Violins. PLoS ONE 3(7): e2554. doi:10.1371/journal.pone.0002554

Författarna fann signifikanta skillnader när det gäller träets densitetsvariabilitet - dvs. det var större skillnad mellan de mätpunkter som hade högst respektive lägst trädensitet i de moderna fiolerna och alltså en mer homogen trädensitet i de äldre fiolerna. Författarna diskuterade det som skillnader mellan vårved och höstved (dvs. de ljusa och mörka partierna i årsringar) - även om det de egentligen använde var skillnaden mellan den 10:e och 90:e percentilen bland deras mätvärden som approximation av detta - vilket väl verkar ganska rimligt.

Vad denna skillnad i träkvalitet kan bero på och om det kan förklara skillnaden i ljud mellan fiolerna är oklart - mysteriet är helt klart inte löst! Jag har en hel del invändningar till hur studien är utförd. Det statistiska underlaget med fioler från två Cremonese-byggare och från tre stycken nutida amerikanska fiolbyggare är för det första tämligen begränsat och är knappast ett underlag som man kan dra några alltför långtgående slutsatser ifrån.

Författarna avfärdar att skillnader i klimat (dvs. där trädet som sedan blev fiolmaterial växte) skulle kunna ha någon påverkan på ljudet eftersom det inte finns någon skillnad i mediandensitet. Detta trots att skillnader mellan årstidsväxlingar - som man skulle kunna förvänta sig mellan t.ex. ett maritimt italienskt klimat (med förmodat mindre temperatursvängningar över året) och ett kontinentalt amerikanskt klimat (med förmodat större temperatursvängninar) ju mycket väl skulle kunna förklara att skillnaden mellan vår- och höstved blir mindre eller större - utan att det ger upphov till någon skillnad i mediandensitet. Det tycker åtminstone jag låter rimligt.

Att de sedan jämför ett antal flera hundra år gamla fioler med ett antal nyproducerade fioler är ju inte heller alldeles självklart så smart. Det ligger något i vad som skrivs i den enda kommentaren (hittills) till artikeln på PLoS hemsida. Att jämföra Cremonesefiolerna med ett par lika gamla men inte lika välljudande fioler hade nog varit ett bättre val - man kan inte utesluta att skillnaderna mellan vår- och höstved blir mindre med tiden... eller att ljudet blir bättre med lagring för den delen...

Fågelskådningen
Nå - vi passade ju även på att besöka lite andra platser på Gotland - bl.a. Stora Karlsö som jag varmt kan rekommendera er att spendera lite tid på - jag hade nog lätt kunnat stanna några dagar istället för de timmar jag fick på platsen. På ön skådade jag fåglar - grisslor, tordmular, skarvar och trutar fanns det flest av - men även en del andra modeller.

















En tordmule flög upp och satte sig nyfiket precis bredvid mig och poserade villigt för kameran.

















Sillgrisslorna stod upptravade på alla lediga klipphyllor och skrevor.

















Här och där på klipporna kunde man också få syn på några forskare som satt och räknade fåglarna.

Forskarna som satt på klipporna var jag allt för höjdrädd för att klättra ned och prata med - dessutom var det ju inte tillåtet för besökare att vistas där de var - men jag antar att de var en del av det här projektet som under flera år har kartlagt populationerna hos ett antal av öns fågelarter. Finns länkar till flera intressanta forskningsrapporter på projektets hemsida - ta en titt!

Andra bloggar om: , , , , , , , , , ,

07 juli 2008

Isläget i arktis 2

Kom på att jag visst missade att ange länken till webcamen på Nordpolen i mitt förra inlägg. Noterar också att det ser ut som om den där kameran lever lite farligt - stora hål i isen just där kameran står...

Den står å andra sidan inte heller på själva Nordpolen (den geografiska) utan befinner sig på drift tillsammans med NOAA:s övriga mätinstrument ungefär vid den 85:e breddgraden - om jag nu har begripit det hela rätt den här gången...















Andra bloggar om: , , , ,