Två avbrott i semestern

För forskare på miljösidan i Sverige brukar sommaren ofta betyda fältsäsong - det gäller att uttnyttja den tiden av året då förhållandena är lämpliga för att lägga ut försök. Jag är inget undantag från den regeln och årets semester har hunnit avbrutas två gånger för att pyssla med dylikt. Här kommer en liten rapport:


Försök med sanering av förorenad jord på Hovgårdens avfallsstation

Första gången var för två veckor sen - då vi var ute och tog "nollprover" från vårt försök med sanering av jord utgrävd vid ombyggnationen av Uppsala resecentrum. Jorden är förorenad med PAHer (polycykliska aromatiska kolväten från impregnering av sliprar) och diesel och är deponerad på Hovgårdens avfallsanläggning norr om Uppsala. Försöket sker i samarbete med Uppsala kommun och syftar till att testa om det är möjligt att stimulera den biologiska nedbrytningen av PAHerna genom att blanda in diverse andra restprodukter som finns tillgängliga där.


Det gick inte att ta en översiktsbild över hela försöket (jag hade behövt ett vidvinkelobjektiv). Den röda pricken i mitten av bilden är en bil.



Då det rör sig om tämligen stora jordmassor och då kommunen gärna utsatte materialet för någon form av behandling så snart som möjligt så blev det ett väldigt stort försök. Totalt ingår nära 2 kiloton material och varje försöksled omfattar 200-300 kubikmeter förorenad jord. Vi testar inblandningar av rötslam, biogödsel, NPK och grönflis.


Storleken på försöket har gjort att det tog några veckor mer än beräknat för personalen på Hovgården att blanda till allting. Storleken ställer också särskilda logistiska krav på provtagning och uppföljning av materialet. Det duger inte att ta ett jordprov i en 300 kubikmeters jordsträng och tro att det kommer att vara ett representativt prov. Vi satsade på 30 delprover per behandling som vi sedan poolar till tre replikat vid analysen - frågan är om det räcker...

För att kunna komma in i högarna vid provtagningen använde vi oss av en bulldozer.


Utläggning av försök med bekämpningsmedel på banvall vid Tågsjöberg

Det andra avbrottet i semestern kom jag hem ifrån igår. Vi lade ut ett fältförsök med bekämpningsmedlet Basta (aktiv beståndsdel glufosinatammonium) på en banvall på sträckan Forsmo-Hoting i närheten av Tågsjöberg. Basta är tänkt att kunna användas mot barrträd i banan - Roundup Bio som används av Banverket idag är fullständigt overksam mot barrträd. Syftet med försöket är att ge underlag för en miljöriskbedömning av Basta genom att studera utlakning och nedbrytning av glufosinatammonium i banan.



Utläggningen skedde med hjälp av Banverket Produktions ogräståg.






På platsen sitter ett antal grundvattenrör installerade - några rör sitter mitt i banan och några rör sitter inborrade snett från sidan i banvallen för att undvika att introducera kanaler som bekämpningsmedlet kan röra sig igenom ned till grundvattnet. (Vi misstänker nämligen att detta kan ske ibland.) Utläggningen, och första provtagningen av grundvatten och jordprover, gick som den skulle - vi återkommer några gånger senare i år för att följa upp det hela.

Av intresse kan ju också vara att berätta att det också har lagts ut ett försök med samma preparat vid provtagningsstationen på Gardermobanan i Norge som jag var ute och tittade på tidigare i år. Detta sker dock helt i Bioforsks och Norska Jernbanestyrelsens regi - vi räknar dock med att utbyta resultat med varandra.

Andra bloggar om: forskning, vetenskap, semester, fältförsök, Hovgården, Uppsala resecentrum, PAHer, marksanering, bekämpningsmedel, Basta, glufosinatammonium

Kunde inte låta bli...

...att också testa Simpsonizern (man är ju ett fan). Resultatet, baserat på ett dagsfärskt foto, ser ni nedan:





Och varför inte ge filmen lite mer gratisreklam när man ändå är igång?






Uppdatering 2007-08-01:
Jo, en bra anledning kan ju vara att den trailern som jag lade upp här automatstartade varenda gång man laddade sidan vilket ju blev bra irriterande i längden... Den som vill se trailers kan hitta dem på filmens hemsida istället.

Mer matte ger bättre biologer?

Nu är jag ju på semester och kommer därför tyvärr inte åt att läsa originalstudien i Science - men jag kan ändå inte låta bli att komma med en liten halvhjärtad invändning. Att studenter som läser mer matte i high-school får bättre betyg på introduktionskurserna i biologi på universitetet behöver inte betyda att mer matematikundervisning ger bättre biologer som det hävdas i DN.

Man kan ju faktiskt tänka sig att effekten beror på att det är de studenter som är lite mer studiemotiverade som väljer att läsa mer matte i high-school. Korrelation betyder inte alltid orsakssamband.

Sedan ska det tilläggas att jag iofs inte ser någon anledning att bestrida idén om att mer matematik skulle ge bättre biologer - jag skulle själv ha varit betjänt av en utförligare matematikundervisning - det enda jag bestrider är att den här studien skulle bevisa det.

Uppdatering 28/7:

Jag var inne en sväng på jobbet idag och passade då på att ladda ned artikeln.

Matematik i high-school har en mycket liten men signifikant genomsnittlig effekt på betyget i introduktionskurser i biologi, fysik och kemi i college (ca 1-2 ± 0,5% högre betyg per år matematik i high-school om jag tolkar det riktigt) - det gäller alltså inte bara biologer utan också kemister och fysiker. Att studera det egna ämnet har ungefär motsvarande effekt - men däremot ger varken biologi, kemi eller fysik i high-school någon effekt på de andra ämnena.

Författarna har gjort vissa ansträngningar att kompensera för faktorer som föräldrarnas utbildningsnivå, och hur duktiga studenterna var i allmänhet (i andra ämnen) - vilket ju skulle kunna återspegla deras studiemotivation - men för att veta exakt hur detta har gjorts måste jag nog gräva ned mig i supporting materials och det har jag varken tid eller lust med just nu. - De börjar dock diskussionen med att påpeka att "Our research examines correlations and does not offer the proof of causation that an experimental study could."

Det i mitt tycke mest överraskande resultatet, som jag nog hade valt att lyfta fram, är hur liten effekten av high-school studier är på collegebetygen. En till två procents effekt på betygen per år förstudier är ju ingenting! Jag har ju inte läst på ett amerikanskt college - men kanhända återspeglar detta att nivån på introduktionskurserna är så låg att även de med ett minimum av förkunskaper klarar sig hyfsat bra?

Andra bloggar om: undervisning, matematik, matte, biologi

Livets gränser

Helt kort bara kan jag tipsa om att en kommitté med uppdrag av National Academy of Sciences har utgivit en ny rapport (tillgänglig i sin helhet på nätet) betitlad: "The limits of organic life in planetary systems"

Deras definition av vad som krävs för att det ska kunna finnas liv lyder som följer:

Theory, data, and experiments suggest that life requires (in decreasing order of certainty):
• A thermodynamic disequilibrium;
• An environment capable of maintaining covalent bonds, especially between carbon, hydrogen, and other
atoms;
• A liquid environment; and
• A molecular system that can support Darwinian evolution.

De påpekar också att det är lätt att bli hemmablind och uppmanar till ett vidgat synsätt på på i vilka typer av miljöer som liv kan finnas och hur liv potentiellt kan se ut. Liv behöver inte nödvändigtvis vara baserat på DNA eller RNA - kanske inte ens kolbaserat menar de. Vatten är inte heller ett absolut krav.

Läs också Carl Zimmers rapport om det hela i New York Times.

Andra bloggar om: vetenskap, biologi, astrobiologi, liv

Dagens observationer

Den senaste tiden har det ju varit en hel del snack om extrema väder - och man vill ju inte vara sämre så här kommer mitt bidrag:






Den här observerade jag idag (på tryggt avstånd) där den drog fram på nordvästra sidan av Vättern. En tvättäkta tromb - eller åtminstone ett trombformat moln...












Och efter att ha tagit den här gynnaren på bar gärning så anser jag mig nu ha löst gåtan med vem det är som äter upp päronen i päronträdet.







Andra bloggar om: foto, natur, tromber, möss

Sommar, snö och klurendrejeri

Som ni säkert misstänker så beror den relativa bloggtorkan på att jag har ägnat mig åt min semester. Just nu vaktar jag föräldrahemmet ett par dagar medan de är på Gotland – vilket innebär att tillvaron består av ansträngande aktiviteter som att läsa böcker, fiska, klappa kaninen, dricka kaffe, plocka blåbär etc. – you get the picture…

Om vädret skulle bli lite sämre kan det ju tänkas att jag återkommer med något mer läsvärt här. Något som är läsvärt, nu utläst och dessutom ganska aktuellt med anledning av det stundande turkiska valet är Orhan Pamuks bok ”Snö”. Den kan jag varmt rekommendera som semestersysselsättning, titeln och årstidens skenbara inkompatibilitet till trots.

Skulle regnen komma kan det också tänkas att jag hemfaller åt lite seriöst klurande – jag har nämligen fortfarande inte lyckats lösa frågorna i sommarens miniklurendrejeri (och nu börjar det bli lite pinsamt, måste skärpa mig…). Frågorna hittar ni på sid 18 i senaste numret av tidskriften Ultunesaren (klicka på omslaget för att ladda ner) – där hittar ni också korsord, pseudoku och dubbelgrubbel. Ledtrådar och (fler) villospår hittar ni på klurbloggen.

Skulle ni (mot förmodan) känna att ni behöver ytterligare utmaningar för ert intellekt så kan ni ju därefter ge er på årets upplaga av den tyska motsvarigheten/förlagan till klurendrejeriet: Das Große Rätselrennen som publiceras i Süddeutsche Zeitung. Den första omgången frågor släpps enligt de tillförlitligaste uppgifterna som cirkulerar den 3:e augusti och tills vidare ligger förra årets upplaga ute på adressen www.raetselrennen.de – själv kommer jag tyvärr att vara till fjälls när frågorna släpps men jag räknar med att hinna ta mig en titt när jag kommer tillbaka.

Ta er inte vatten över huvudet bara – Das Große RR är inget man löser i en handvändning direkt… och man vet aldrig vad man råkar ut för i tävlingen. Svaren kanske ska sättas in på en bank där poängvärdet förräntas under tävlingens gång, eller så ska de omvandlas till ingredienser i en cocktail, eller toner i ett musikstycke som ska skicka in till den hemliga adressen. Sånt har hänt förr...

Andra bloggar om: semester, sommar, snö, Orhan Pamuk, klurendrejeriet, gåtor, rätselrennen

Vad är liv? - diskussionen går vidare...

Den intresserade uppmanas kolla in nystartade bloggen nymodernism (av signaturen aleph) som i sin första post anknyter till livsdiskussionen, drar resonemanget ett steg vidare och undrar vad det får för religiösa konsekvenser om vetenskapen förklarar livet och allting.

Malin Sandström på vetenskapsnytt har också författat en intressant post där hon tillför bland annat NASA:s arbetsdefinition och filosofen Carol Clelands perspektiv.

Själv har jag lovat att författa en post till - där jag nystar upp några fler trådar. Men tills dess att jag tar mig samman i sommarsolen kan jag ju komma med ett litet poetiskt bidrag till det hela. En dikt av Wislawa Szymborska om livet - visserligen synbarligen inskränkt till det flercelliga eukaryota livet - men ändå på något vis passande:


Noterat

Livet är enda sättet
att beväxa med löv,
hämta andan i sanden,
flyga upp på vingar;

att vara en hund,
eller stryka den över pälsen;

att skilja smärta
från allt som inte är det;

att få plats i händelserna,
ta vägen i vyerna,
leta reda på det minsta bland misstagen.

Ett enastående tillfälle
att minnas för en stund
vad man pratade om
i den släcka lampans sken.

/WS

Andra bloggar om: vetenskap, liv, poesi, Wislawa Szymborska

Om termodynamik, kinetik och livets uppkomst

Jag avslöjade ju häromdagen lite i förbifarten att jag är en anhängare av Schrödingers definition av liv som ”ett system som importerar negativ entropi”. Detta gav upphov till en liten debatt i kommentarspåret och på Z:s ”enkla bloggen” om olika sätt att definiera liv. Det där med att förklara vad liv är och hur det uppstår och upphör är ju oändligt intressant och förtjänar mer än uppmärksamhet än så tycker jag – så här kommer därför lite fördjupning:

Termodynamikens obönhörliga andra huvudsats dikterar att alla avgränsade system strävar efter att uppnå största möjliga entropi eller oordning. Alla kemiska reaktioner tenderar också att gå i den riktning som maximerar systemets entropi. Det termodynamiskt mest gynnsamma systemet man kan tänka sig är ett system i absolut kemisk jämvikt. I ett kosmologiskt perspektiv brukar man tala om att detta så småningom kommer att leda till universums värmedöd (även om det ju kommer att dröja ett slag). Konstatera kan man dock att ett system i jämvikt är ett dött system.



Det finns en anledning till att mitt skrivbord ser ut som det gör - du kan också skylla på termodynamikens andra!




Alla (kända) levande organismer karakteriseras av att de importerar energi eller energirik (entropifattig) föda från omgivningen som de använder för att ”lura” termodynamikens andra huvudsats och motverka sitt eget sönderfall. De kopplar helt enkelt termodynamiskt gynnsamma reaktioner (mot en högre entropi; t.ex. nedbrytning av mat) till termodynamiskt ogynnsamma reaktioner (mot en lägre entropi; t.ex. uppbyggande av biomassa). En förutsättning för att det hela ska fungera är att de inte är avgränsade system – de måste importera låg entropi utifrån och exportera hög entropi till omgivningen. En levande cell kan beskrivas som ett ”långt-ifrån-jämvikt-system”.

Schrödingers definition är tilltalande eftersom den reducerar liv till något som kan beskrivas av enkla fysiska principer och representerar en strävan att förena fysik och biologi. Men även Schrödingers definition av det levande har dock, precis som alla andra definitioner av liv jag känner till, vissa brister. I det här fallet handlar det om att definitionen är något för vid (åtminstone upplevs den intuitivt som något för vid).

För det första ger den ingen grund för att exkludera jorden som helhet, som ju också är ett system som importerar negativ entropi, från det levande – den understödjer alltså den så kallade Gaia-hypotesen.

Att jorden som helhet skulle vara en levande organism kan man tycka vad man vill om – personligen tycker jag att det är ett intressant tankeexperiment och ett ganska pedagogiskt sätt att förklara varför vi (för vår egen skull) inte kan behandla den här globen hur vi vill. Gaia är dock inte det enda som inkluderas, även många andra ”självorganiserande system” som upplevs som icke-levande kan, åtminstone temporärt, gå mot en lägre entropinivå om energi tillförs utifrån. Galaxer, planeter, tornados och vattenvirvlar är alla exempel på spontant uppstående ordning i system som i sin helhet rör sig mot oordning.

I en nyligen publicerad artikel i PLoS Biology argumenterar John Whitfield för att alla självorganiserande system, levande som icke-levande kanske är en manifestation av samma sak. Hans idé är att levande ting inte uppstår trots att termodynamikens andra huvudsats motarbetar dem utan tack vare den. Självorganiserande system hjälper till att producera entropi snabbare medan de existerar än vad som hade varit fallet om de inte vore där. Betänk till exempel löv som ramlar ned till marken om hösten – daggmaskar, insekter, svampar och bakterier hjälper till att bryta ned dem i en ruskig fart. De bygger visserligen upp sin egen biomassa men nettoeffekten blir ändå en snabb produktion av entropi. Hade de inte funnits där skulle löven ha funnits kvar i åratal. Levande celler är alltså entropikatalysatorer, små utjämnare av ojämvikt– därmed är också liv det termodynamiskt mest gynnsamma tillståndet för ett kemiskt system (som innehåller de nödvändiga byggstenarna) om energi kontinuerligt tillförs utifrån.

Det finns till och med de som hävdar att evolutionen, åtminstone det naturliga urvalet, kan förklaras utifrån termodynamiska principer som en strävan efter ”maximum entropy production” (MEP). Evolutionen gynnar enligt det tankesättet de livsformer som kan maximera entropiflödet igenom sig. – På något plan är ju detta också väldigt likt ”survival of the fittest” – de organismer som är bäst på att motverka sitt eget sönderfall kommer att överleva. Däremot är det svårt att se hur detta skulle stämma överens med den sexuella selektionen som finns hos djuren – där gäller det ju istället att investera energin i något onyttigt, till exempel i färggranna fjäderskrudar, för att kunna attrahera det motsatta könet – knappast entropimaximerande kan man tycka!

Läs mer i:
Whitfield J. (2007) Survival of the likeliest? PloS Biology Vol 5(5): e142



Varför skulle entropigradienten ta omvägen via de här fjädrarna - det är frågan?





Nu finns det ju invändningar mot de termodynamiska teorierna – dels känslomässiga argument från dem som inte gillar reduktionistiska synsätt i allmänhet – men också mer vetenskapligt motiverad kritik.

En alternativ modell för livets uppkomst och evolutionen av teleomatiska och komplexa organismer förs fram av Addy Pross. Han håller med om att termodynamiken sätter ramarna för vad levande organismer kan göra men menar att den knappast är drivkraften bakom vare sig livets uppkomst eller evolutionen. Pross utgår istället från självreplikerande strukturers kinetiska egenskaper – självreplikerande strukturer (som t.ex. DNA) har potentialen att öka hastigheten på de kemiska reaktioner de katalyserar exponentiellt. Detta ger självreplikerande strukturer, när de väl har uppstått, mycket stor spridningspotential. Pross argumenterar också på ett ganska övertygande (om än något mångordigt) sätt för hur enkla självreplikerande strukturer kan och kommer att evolvera mot en högre komplexitetsgrad.

Av Pross modell följer att det blir svårt att dra någon definitiv gräns mellan levande och död materia – evolutionära mekanismer verkar redan på relativt enkla kemiska strukturer och allt levande och dött befinner sig på samma kontinuerliga skala. Han menar att liv är en manifestation av replikerande system och inte tvärtom; att liv är en produkt av evolution snarare än att evolution är ett av livets karakteristika.

Läs mer:
Pross A. (2003) The driving force for life's emergence: kinetic and thermodynamic considerations (pdf). Journal of theoretical Biology Vol 220: 393-406

Se där ja - då var vi framme vid slutet - och du som kommit ända hit: det där var väl en intressant och kanske rentav lite provocerande läsning? Vad anser du? Är jorden en levande organism? Kan evolutionen förklaras som en strävan efter att maximera systemets entropi? Kan man egentligen skriva självreplikerande på svenska eller är det bara biologsvengelska? Frågorna hopar sig - tyck till!

Andra bloggar om: vetenskap, biologi, fysik, kemi, liv, livets uppkomst, evolution, termodynamik, kinetik, entropi, filosofi

Direktiv om parakvat ogiltigförklaras

Och därmed segrar Sveriges lite mer restriktiva hållning i bekämpningsmedelsfrågor över de sydeuropeiska ländernas lite mindre restriktiva hållning - åtminstone för stunden (domstolens beslut kan fortfarande överklagas av tillverkaren Syngenta).

Direktiv 2003/112/EC ogiltigförklaras och den aktiva substansen parakvat dras tillbaka från den europeiska marknaden - vilket nog i mångas ögon restaurerar en del av förtroendet för beslutsprocesserna när det gäller bekämpningsmedel inom EU. Det är svårt att tycka något annat än att det är ett bra beslut - substansen parakvat är mycket giftig och farlig att hantera. Olycksfall med förgiftningar och dödsfall som följd är relativt vanliga där parakvat används - det är helt klart ett sådant bekämpningsmedel som bör fasas ut helt - och det var märkligt att det godkändes i första läget.

Däremot huserar i Sverige en mycket överdriven bekämpningsmedelsskräck som har sin grund i Rachel Carsons "Tyst vår" och i sjuttiotalets Hormoslyrdebatt - men kanske framförallt i en stor okunskap om vad bekämpningsmedel egentligen är för något, vilka typer det finns, hur de verkar, hur giftiga de egentligen är och vilka koncentrationer man kan förvänta sig att bli exponerad för - här finns det gott om material för att fördjupa sig i någon framtida bloggpost.

Fast det är klart - så länge kommissionen släpper ut ämnen som parakvat på marknaden har jag full förståelse för att vanliga människor har svårt att känna sig trygga med vad myndigheterna gör för att skydda dem (även om jag har intrycket av att svenska myndigheter gör mer än de flesta andra). Och med tanke på hur bekämpningsmedelsfrågor oftast hanteras i svenska media är det ju inte konstigt om människor blir oroliga.

Källor:
Kemikalieinspektionen
SVT

Andra bloggar om: bekämpningsmedel, herbicider, parakvat, EU-kommissionen

Klargörande om bakterieresistens

Både DN och SvD vidarebefordrar idag en nyhet om att biofosfonater blockerar ett enzym som bakterier använder för att "manipulera sina gener" och på så vis bli resistenta.

Som mikrobiolog ställer jag mig ju lite frågande till formuleringarna eftersom jag trodde att problematiken med antibiotikaresistens främst handlade om överförande av resistensplasmider. En närmare granskning visar också att det mycket riktigt handlar om att biofosfonaterna blockerar enzymet DNA-relaxas som är inblandat i överföringen av DNA mellan celler genom konjugering.



















DN hänvisar till BBC News som sannolikt fått nyheten från det pressmeddelande som utgått från University of North Carolina. På vägen har en del av informationen försvunnit.

Än så länge har fosfonaterna tydligen bara testats på E. coli och det finns nog anledning att ställa sig frågande till om de verkligen dödar resistenta bakterier och inte bara förhindrar spridningen av plasmider mellan bakterier. Det är dock mycket svårt att bedöma då själva forskningsstudien, som enligt pressmeddelandet skulle ha publicerats redan häromdagen i PNAS, ännu inte finns tillgängligt på nätet och allt än så länge bara är baserat på ett pressmeddelande.

Uppdatering 13/7:

som Malin så riktigt förutspådde (i sin kommentar) så kom artikeln idag. Den är open-access så det är fritt fram för vem som helst att läsa.

Lujan S.A. et al. (2007) Disrupting antibiotic resistance propagation by inhibiting the conjugative DNA relaxase. PNAS Early edition.

Andra bloggar om: forskning, vetenskap, vetenskapsjournalistik, biologi, mikrobiologi, antibiotikaresistens

Varför de flesta forskningsresultat är felaktiga

Jag har semester! Från och med idag och åtminstone till en sisådär 80-90 %. Jag måste förmodligen sticka iväg och provta ett försenat fältförsök någon gång nästa vecka och jag måste lägga ut ett fältförsök i skiftet juli-augusti - men i övrigt har jag ledigt ända tills mitten av augusti.

Tänkte börja min semester med att läsa igenom en liten skrift om bioenergi som jag beställde från Formas häromdagen. Olika forskare har fått skriva om hur och till vad de anser att vi bör använda bioenergi i framtiden - ska bli intressant läsning. Jag återkommer med en liten recension.

Tills dess kan ni ju begrunda varför det mesta av den publicerade forskningen är felaktig - åtminstone om man ska tro John Ioannidis som skrev artikeln "Why Most Published Research Findings Are False" häromåret.

Han har kommit fram till att sannolikheten för att ett publicerat vetenskapligt resultat är riktigt är lägre än sannolikheten för att det är felaktigt - åtminstone i vissa fall. Speciellt stor risk för felaktiga resultat finns inom explorativ hypotesgenererande forskning som t.ex. epidemiologiska studer - dvs. forskning av typen som ger tidningslöp á la "Läsa boggar ger dig Cancer!" (är någon överraskad?)- och minst chans för felaktiga resultat finner man inom så kallade metastudier som slår samman data och resultat från flera andra forskningsstudier - förutsatt att de är genomförda på ett opartiskt sätt dvs - vilket inte alltid är självklart om ekonomiska eller ideologiska intressen är inblandade.

Man bör inte ta den något provocerande titeln bokstavligt - men artikeln är tänkvärd och jag rekommenderar den varmt för alla som håller på med forskning eller med att på något sätt värdera forskning och forskningsresultat. Ioannidis listar riskfaktorerna för vad som ökar risken för felaktiga resultat:

"a research finding is less likely to be true when the studies conducted in a field are smaller; when effect sizes are smaller; when there is a greater number and lesser preselection of tested relationships; where there is greater flexibility in designs, definitions, outcomes, and analytical modes; when there is greater financial and other interest and prejudice; and when more teams are involved in a scientific field in chase of statistical significance"

Vissa saker är ganska självklara som t.ex. att man har större chans att hitta falska samband om man studerar små effekter i små studier, eller om det är ett område där det finns starka finansiella intressen eller fördomar inblandade. Mer överraskande är det kanske att sannolikheten för publicerade felaktiga resultat ökar inom forskningsfält där fler forskarteam är inblandade. Läs artikeln och döm själva!

Studien ger som sagt en del att fundera över: är dagens akademiska system där allt som tycks räknas är att publicera mycket och ofta ett bra system för att föra det mänskliga vetandet framåt (och åt rätt håll)? Vad är receptet för att minska antalet felaktiga resultat? Borde man försöka hitta mekanismer som gynnar mer av sampublicering och sammanvägda analyser? Borde vi bli bättre på att publicera icke-resultat - dvs. "vi undersökte saken men fann inget samband mellan bloggande och cancer" - för att uppväga?

Ett sätt vore att samla mer av rådata från publicerad forskning i databaser - sådana databaser finns det flera exempel på redan t.ex. inom den fortlöpande miljöanalysen i Sverige - se här och här. Men hur man maximerar tillgängligheten och underlättar tolkningen av data i sådana databaser på bästa sätt är nog inte helt självklart - i våras gick till exempel forskare på Linköpings Universitet ut och påstod att data från miljöövervakningen kunde vara helt felaktiga. Datavärdarna menade att de hade misstolkat deras data och inte diskuterat mätosäkerheterna i materialet med dem - ni hittar deras svar här.

Det är hursomhelst inte självklart att forskning inom vissa fält idag bedrivs på ett optimalt sätt och det är långt ifrån självklart att publicerade forskningsresultat är riktiga. Hur stor sannolikheten är för att sannolikheterna som presenteras i just Ioannidis publikation återspeglar verkligheten på ett riktigt sätt förtäljer inte heller historien...

Uppdatering 23/7:
Ioannidis uppskattningar ifrågasätts också mycket riktigt i läsarresponsen till artikeln.

Andra bloggar om: forskning, vetenskap, statistik, databaser, semester

Jag har blivit spammad...

... med fejkade kommentarer. - Och det har kanske du också (om du är bloggare)! Spammandet går att spåra tillbaka till sökmotoroptimeringsföretaget Jajja.

Läs mer på vetenskapsnytt och på Nikke index!

Andra bloggar om: bloggosfären, jajja, SEO

Angående fysik och biologi och andra vetenskaper

Detta inlägg är tillkommet som en respons på och en vidareutveckling av ett intressant inlägg av Felicia Gilljam alias furiku – som i sin tur var inspirerat av ett inlägg på bloggen Pharyngula.

Ursprungsinlägget handlade om hur astronomer på en konferens tyckte det var naturligt att hålla föredrag om liv i universum samtidigt som de fann tanken på biologer som diskuterade svarta håls natur absurd, och om hur styvmoderligt biologin blev behandlad inom science-fiction i jämförelse med fysiken. Science-fiction-delen lämnar jag gärna därhän – men resonemanget, som vidareutvecklas av furiku, om att vissa vetenskapsområden allmänt anses vara lite bättre än andra (och vars representanter i vissa fall anser sig vara lite förmer än andra) är intressant.

Förenklat tycks dessa hierarkier följa dels en matematikgradient – ju matematikintensivare desto högre status har vetenskapsområdet – och dels ett traditionellt reduktionistisk vetenskapsideal (och där gäller snarare att ju mindre saker man pysslar med desto högre status). Kvantfysik har högre status än biologi, som har högre status än samhällsvetenskap etc.

Om denna värdering kan man ju tycka vad man vill – personligen tror jag nog att en sådan indelning snarare återspeglar situationen som den såg ut för en 20-30 år sedan. Status är nog framförallt kopplat till var vetenskapen gör stora framsteg – vilket idag kanske främst sker inom biologiområdet (som tidigare var ett relativt outvecklat område i jämförelse med de andra naturvetenskaperna). Upprättelse alltså till biologerna (hävdar jag som är partisk).

Men egentligen, vilket är också är det egentliga temat för denna bloggpost – tycker jag att hela indelningen i vetenskapsområden ibland kan vara något oegentlig. Det går ingen naturlig gränslinje mellan biologi, kemi och fysik – mer än den imaginära gränslinje som vi människor själva har inrättat. Inom dessa vetenskapsområden sker en vidare uppdelning; biologin delas in i botanik, ekologi, mikrobiologi, genetik, epigenetik, molekylärbiologi etc. Varje sådan uppdelning är praktiskt motiverad på grundval av olika studieobjekt och kanske olika metodval – det är svårt att kunna allt och därför rationellt att som vetenskapsman vara expert på ett mycket litet område.

Men indelningen skapar också lätt mentala blockeringar och alltför snävt avgränsade vetenskapsområden riskerar alltid att stagnera. Denna uppdelning resulterar också i att de områden som är sämst utforskade ofta är de som ligger på gränsen mellan de olika områden – anledningen till att biologi sällan härleds från fysiska grundprinciper beror inte på att den är svår att härleda från fysiska grundprinciper utan på att de flesta av oss inte är vana att härleda eller att studera hur biologi härleds ifrån fysiska grundprinciper.

(Ja, ja - OK detta är förstås liksom de flesta sanningar en med modifikation – mikroorganismer tycks t.ex. främst styras av enkla fysiska och kemiska grundprinciper och deras beteenden förklaras ofta utifrån sådana grundprinciper, och så finns ju områdena biokemi och biofysik också – men jag återkopplar ju till furikus bloggpost här så jag tar mig lite retoriska friheter...).

Jag tror hursomhelst inte på att man ska hålla sig till sitt eget vetenskapsområde. – Tvärtom – ju mer man lägger näsan i blöt desto bättre! Naturligtvis förespråkar jag inte att man som biolog helt opåläst ska ge sig in i och diskutera svarta håls natur – jag menar bara att man inte ska ha överdriven respekt för att ge sig på något sådant. Kanhända gör man bort sig – men kanhända kan man bidra med lite nya tankegångar. Vetenskapshistorien är full av exempel på folk som kunnat göra stora framsteg just eftersom de har bytt vetenskaplig bana och kunnat tillämpa sina metoder inom ett annat fält som kört fast.

Mer tvärvetenskap har varit länge varit en forskningspolitisk målsättning i Sverige - men frågan är om detta resulterat i att mer tvärvetenskap eller rätt sorts tvärvetenskapliga projekt har finansierats? Den bästa tvärvetenskapen är nog den som uppstår organiskt, underifrån - när forskarna själva identifierar ett behov av att samarbeta över ämnesgränserna och gör det. (Det är ett ämne som nog kan vidareutvecklas i fler bloggposter.)

Och för att runda av inlägget kan jag ju exemplifiera med den i mitt tycke bästa definitionen av liv – upprättad, inte av en biolog, utan av Erwin Schrödinger utifrån termodynamikens andra grundsats som (ungefär) ”ett system som upprätthåller eller minskar sin egen entropi genom att importera negativ entropi”.

Andra bloggar om: vetenskap, biologi, fysik, kemi, tvärvetenskap, negativ entropi, liv

Altruism även hos råttor

Kan bara konstatera att en ny studie visar att även råttor kan agera osjälviskt. Åtminstone om de utifrån deras närmast föregående möten med andra råttor har gjort erfarenheten att råttor i allmänhet agerar osjälviskt.

Råttorna fick dra i en spak som gav en råtta i en angränsande bur en matbit. Detta testades med råttor som först själva hade utsatts några gånger för själviska och osjälviska råttor (råttor som hjälpt dem till maten genom att dra i spaken eller inte) när de befann sig i den omvända situationen. Råttor som först hade utsatts för osjälviska råttor var själva mer benägna att hjälpa andra.

Det hela kallas för generaliserad reciprok altruism - en slags "tit for tat"-strategi där råttorna hela tiden gör en bedömning utifrån sina närmaste erfarenheter - generöst betende hos andra råttor belönas och själviskt betende bestraffas (fast inte nödvändigtvis på individbasis - därav generaliserad - fast det borde kanske heta generaliserande?). Det hela är helt i linje med matematiskt modellerande av vad som borde vara den mest gynnsamma evolutionära strategin.

Rutte C, Taborsky M (2007) Generalized Reciprocity in Rats. PLoS Biol 5(7): e196

Läs också: Nature News

vetenskap, forskning, biologi, altruism